1、南京鼓楼医院（三甲）
南京鼓楼医院，又是南京大学医学院附属鼓楼医院，创建于1892年，已经具有128年历史，目前为集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，也是全国较早的西医院之一。医院核定床位3325张。在岗职工4869人，其中卫生专业技术人员4447人，外籍院士1人、长江学者1人、杰青2人、优青2人、国家百千万人才工程2人、国家有突出贡献中青年专家5人， 48位专家享受国家政府津贴，担任中华医学会分会主委1人、候任主委和副主委5人，担任江苏省医学会分会主委、候任主委和副主委45人，担任南京医学会分会主委、候任主委和副主委50人，综合实力居全省前列。
2、江苏省人民医院（三甲）
江苏省人民医院，暨南京医科大学第一附属医院、江苏省临床医学研究院、江苏省红十字医院。江苏省妇幼保健院作为江苏省人民医院妇幼分院，实行一体化管理。
江苏省人民医院前身为1936年成立的江苏省立医政学院附设诊疗所，至今已有85年的历史。医院是江苏省属三级甲等综合性医院，担负着医疗、教学、科研、公益四项中心任务。占地面积245亩，现有建筑面积41万平方米，固定资产总额（净值）26.7亿元，实际开放床位4200张，职工6800余人。
3、南京市第一医院（三甲）
南京市第一医院（南京医科大学附属南京医院、中国药科大学南京市第一医院），是原卫生部首批三级甲等综合性医院。医院创建于1936年2月，现有1个主院区和2个分院区（南院和河西院区），在职职工3200人，编制床位2600张，占地面积10.039万㎡，建筑面积20.67万㎡。
4、南京医科大学附属儿童医院（江苏省儿童医学中心、江苏省红十字儿童医院、南京市儿童医院）（三甲）
南京医科大学附属儿童医院（江苏省儿童医学中心、江苏省红十字儿童医院、南京市儿童医院）创建于1953年，是一所集医疗、科研、教学、康复、保健为一体的大型综合性三级甲等儿童医院。医院设有广州路院区、河西院区两个院区，编制床位1742张。截止2020年底，共有职工2446人，其中正副高级专家341人；博士122人，硕士604人；博士生导师13人，硕士生导师94人
5、南京脑科医院（三甲）
南京脑科医院，又名南京医科大学附属脑科医院、江苏省精神卫生中心，始建于1947年，是我国最早的国立神经精神病专科医院，为世界卫生组织儿童心理卫生研究中心。南京市胸科医院始建于1950年，具有胸部疾病诊疗专科特色。2018年6月，根据市长办公会议要求，原南京脑科医院和南京市胸科医院进行整合，成为新的南京脑科医院，一院两区。医院分为南、北两个院区，拥有员工近2200人，床位近2000张，
6、南京市中西医结合医院（三甲）
南京市中西医结合医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、养生为一体的国家公立三级甲等中西医结合医院。医院位于南京城东，北揽钟山、东望长江、南眺秦淮、西邻玄武。定编床位500张
7、南京医科大学附属江宁医院（三甲）
江宁医院创建于1935年，是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等综合医院，是南京医科大学附属医院、东南大学与江苏大学教学医院、第二批国家级住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构，并挂牌南京医科大学康达学院江宁临床医学院、江苏医药职业学院临床学院、江苏卫生健康职业学院江宁临床医学院。医院拥有两个院区，开设床位2600张。现拥有在职职工2552名，其中卫技人员2234名，硕博研究生515名；高级职称359名，中级职称617名。
8、南京市胸科医院（三甲）
南京市胸科医院，又名东南大学医学院附属南京胸科医院，始建于1950年，承担着省、市胸部疾病的医疗、教学、科研任务。医院目前有开放床位500张，职工648人，其中专业技术人员576人。
9、南京医科大学附属眼科医院（三甲）
南京医科大学眼科医院系南京医科大学附属眼科医院，江苏省红十字眼科医院，三级甲等眼科医院，国家临床重点专科，国家药物临床试验机构（GCP）,南京医科大学硕士生培养基地、博士生培养点，南京医科大学眼视光学系，南京市博士后创新实践基地。有汉中路院区和六合院区两个院区，床位数250余张，面积21000多平方米，职工300多人。
10、南京医科大学第二附属医院（三甲）
南京医科大学第二附属医院，暨江苏省第二红十字医院、南京医科大学第二临床医学院，创建于1951年，至今已有70年历史。医院是江苏省卫生健康委员会直属的三级甲等综合医院，担负着医疗、教学、科研、公益等重要任务。医院有三个院区（姜家园院区、萨家湾院区和迈皋桥院区），占地面积93亩，建筑面积10.6万平方米，固定资产9.47亿元，其中专业设备6亿元；编制床位数1700张，实际开放床位数1650张，开放病区49个，职工2900余人。
11、东部战区总医院（三甲）
东部战区总医院组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八十一医院（含八十六临床部）、原第八十二医院（含一四九临床部）、原第三五九医院为基础，纳入驻宁及周边地区机关院校15家门诊部。拥有2名中国工程院院士、1名长江学者、4名百千万人才工程人选
12、南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院、南京市肿瘤医院)（三甲）
南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，同时挂牌南京市肿瘤医院。由宋美龄基金会创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。医院现分为钟阜院区和汤山院区两个院区，现有床位1955张。一院两区，统一管理，医疗、教学、科研全面发展。有在职职工1538人，其中卫技人员1382人，高级职称人员264人，博士37人，硕士研究生369人。
13、南京市中医院（三甲）
南京市中医院成立于1956年，是南京中医药大学附属南京中医院、南京市中医药研究所、国家级区域诊疗中心；医院现占地面积92亩，建筑面积31.1万㎡，编制床位1500张；在职职工1900人，其中硕博士456人，高级职称卫技人员423人，是一所中医特色明显，集医疗、教学、科研、预防保健、康复和急救功能为一体的、具有中国传统文化特色的花园式、现代化大型三级甲等中医院。
14、南京大学医学院附属口腔医院暨南京市口腔医院（三甲）
南京大学医学院附属口腔医院暨南京市口腔医院，创建于1947年，前身为国民政府中央卫生实验院牙病防治所。现已成为一所以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重的大型三级甲等口腔医院，医院规模、医疗项目和效率指标位居全国三级口腔医院前列。为南京大学口腔医学本科、硕士、博士学位点，江苏省博士后创新实践基地，南京市首批院士工作站基地。建筑总面积5.3万平方米，口腔综合治疗台255台，病床100张，
15、南京医科大学附属口腔医院暨江苏省口腔医院（三甲）
南京医科大学附属口腔医院暨江苏省口腔医院、南京医科大学口腔医学院、江苏省红十字口腔医院，是江苏省第一所三级甲等口腔专科医院、江苏省口腔卫生指导中心单位，现为中华口腔医学会副会长单位、江苏省口腔医学会会长单位。医院历经45年发展，已成为江苏省口腔医疗、教学、科研、预防和培训中心。医院现有职工近700人，其中医师280余人，拥有高级职称者120余人，
16、 南京医科大学附属逸夫医院（三甲）
南京医科大学附属逸夫医院（南京医科大学第三附属医院）系省属三级医院（公立），由南京医科大学与江宁区政府合作共建，经教育部推荐，香港邵氏基金会无偿捐资冠名，定位为高水平、有特色、国际化教学医院。医院规划占地面积210亩，设置床位1200张，分两期开放。目前一期工程已完成，占地109亩，建筑面积9.2万m2，开放床位600张。
17、江苏省肿瘤医院（三甲）
江苏省肿瘤医院（江苏省肿瘤防治研究所、南京医科大学附属肿瘤医院，江苏省红十字肿瘤医院）前身系1960年建院的江苏医院，为三级甲等肿瘤专科医院，是江苏省肿瘤防、治、研、教的技术指导中心。医院开放床位1161张，现有在职职工1732人，
18、南京市妇幼保健院（三甲）
南京市妇幼保健院创建于1936年，前身为国立中央高级助产职业学校附设产院，现为南京医科大学附属妇产医院、国家级爱婴医院、省内首家三级甲等妇幼保健院，集保健、医疗、教学、科研为一体。医院坐落于市中心，占地面积2.02万平方米，总建筑面积10.57万平方米，建筑面积7.5万平方米的妇幼保健中心大楼已于2011年1月投入使用。医院编制床位1000张，现有职工总数1898人，其中高级职称417人，博士93人，硕士463人，博导8人，硕导77人。
19、 东南大学附属中大医院（三甲）
东南大学附属中大医院始建于1935年，其前身为中央大学医学院附设医院，历经第五军医大学附属医院，解放军84医院及南京铁道医学院附属医院等几个重要历史阶段。经过85年的发展，现已成为集医疗、教学、科研为一体的大型综合性教学医院，是江苏省首批通过卫生部评审的综合性三级甲等医院。东南大学附属中大医院现有编制床位2499张（含江北院区）。拥有高级职称人员376人，博士362人，硕士791人，博士生导师、硕士生导师181人次。
20、江苏省中医院（三甲）
江苏省中医院（南京中医药大学附属医院）创建于1954年10月，为全国首批成立的省级中医医院之一，首任院长叶橘泉为中科院学部委员。医院现开放床位2500张，在职医护教职员工4100余人，门急诊综合服务人次连续20年名列全省医疗行业第一。2021年10月，紫东分院即将正式启用。牛首山分院建设也在稳步推进中
21、江苏省第二中医院（三甲）
南京中医药大学第二附属医院（江苏省第二中医院）成立于1988年12月，为江苏省针灸推拿医院、江苏省第二红十字中医院、江苏省第二中医院互联网医院、南京中医药大学第二临床医学院，也是江苏省涉外教学医院。医院本部位于南京市河西地区，是一所融医疗、教学、科研、预防保健为一体的公立省级综合性三级甲等中医院，也是该区域内唯一一所三级甲等中医院。医院核定床位1500张，现开放床位600张，
22、江苏省妇幼保健院（三甲）
江苏省妇幼保健院（江苏省人民医院妇幼分院、江苏省妇幼卫生保健中心）是我省唯一的省级妇幼保健院，是一所集妇幼医疗、保健、科研、教学、康复及业务指导培训为一体的三级甲等妇幼保健机构，承担着全省妇幼卫生信息管理、妇幼公共卫生项目管理、妇幼保健机构业务管理及基层技术指导等职能任务。医院占地面积4.0万㎡（60亩），目前建筑面积 9.5万㎡，固定资产9.8亿元，其中医疗设备2.6亿元。现有床位800张，实际开放病床580张。现有工作人员1108人，高级职称205人，其中卫技人员938人，卫技人员中的高级职称176人，博士生导师11人、硕士生导师35人。
23、中国医学科学院皮肤病医院（三甲）
中国医学科学院皮肤病医院（中国医学科学院皮肤病研究所）（以下简称“院所”）1954年创建于北京，始名中央皮肤性病研究所，现有在职职工446人，其中高级职称78人，博士生导师14人，硕士生导师25人。享受政府特殊津贴专家14人。
24、江苏省中西医结合医院（三甲）
江苏省中西医结合医院始建于1956年。2013年6月，成为中国中医科学院较早的一个地方分院，是我省从事中医药研究的省属公益类科研机构、综合性三级甲等中西医结合医院，目前医院核定床位830张，规划床位1500张。
25、南京江北医院（三乙）
南京江北医院始建于1934年，位于国家级新区——南京江北新区，是一家集医疗、教学、科研、康复为一体的国家三级乙等综合性医院。医院规模、技术力量、诊疗水平等方面均达到区域内领先水平。医院现有临床、医技科室45个，实际开放床位1050张；职工1350人，其中高级职称180余人，博士、硕士研究生130余人，
26、南京市浦口医院 | 南京医科大学第四附属医院（三级）
南医大四附院是南京江北新区和南京医科大学合作共建的一所集医、教、研为一体的省市重点民生工程。辖京新院区、浦园院区、南苑院区，一院三区，一体化管理。
27、南京同仁医院（三级）
南京同仁医院是由北京同仁医院发起、同仁医疗产业集团和南京江宁经济技术开发区共同投资兴建的一家三级综合医院。医院占地面积240亩，首期建筑面积12.1万平方米，设置病床1200张，为大众提供便捷、舒适、精准的医疗服务。
28、南京市高淳人民医院（三级）
南京市高淳人民医院始建于1936年，经过八十余年的艰苦创业，目前已成为本地区功能齐全、优势突出，集医疗、教学、科研、急救、预防保健、康复于一体的综合性三级医院。医院总占地面积9.42万平方米，总建筑面积约16万平方米。医院现有职工1621人，其中高级职称209人，博士10人，硕士194人。医院核定床位1200张，开放床位1300张，
29、南京明基医院（三级）
南京明基医院经国家卫生部批准投资设立的中外合资合作医院。医院依据国家三级综合医院标准建立，占地600亩。工程分三期，其中一期投资16亿元人民币，主要以开展普通医疗与特需医疗服务为目标，建成1,500床；二、三期将增加科研实验、临床教学及健康促进等医疗项目，将发展至3,000床规模。
30、南京市江宁中医院（三级）
1984年12月南京市江宁县中医院成立，2004年挂牌南京市惠民中医院，2009年通过二级甲等中医医院评审，2010年成为南京中医药大学教学医院，2015年成立了南京市急救中心江宁中医院急救分站，2020年创成“江苏省平安医院”、“江苏省健康促进医院”、“江苏省公共机构节能示范单位”，现已发展成为一所集医疗、急救、科研、教学、康复、保健为一体的三级中医医院。医院核编床位500张，医院在职职工928人，其中硕、博研究生130名，高级职称151名，中级职称283名，南京市名老中医2名，南京中医药大学翰林学院兼职教授35名。
31、江苏省省级机关医院（南京医科大学附属老年医院、江苏省老年病医院）（三级）
江苏省省级机关医院（南京医科大学附属老年医院、江苏省老年病医院）坐落于六朝古都南京著名的颐和路公馆区，紧邻省委省政府，交通便捷，环境优美。医院始建于1952年，1991年成立江苏省老年医学研究所，1992年挂牌江苏省老年病医院，2013年开设分院，2015年全面运营管理南京江宁沐春园护理院，2018年建为南京医科大学附属老年医院，2020年成为南京医科大学康达学院老年临床医学院。是一所集医疗、教学、科研、康复、保健、医养结合为一体，具有老年特色的三级医院，现有床位502张。医院现有职工757人，其中卫技人员662人。拥有高级职称233人，中级职称164人，博士17人，硕士181人。
32、南京市浦口区中医院（三级）
浦口区中医院座落于国家级生态区老山国家森林公园脚下，始建于1988年，是一所具有医疗、教学、科研、预防、保健、急救为一体的三级综合性中医医院。医院一直秉承着“树星级服务，创品牌中医院”的创院方针，致力于培养名医、打造名科、建设名院。医院占地面积10000余平方米，建筑面积28062平方米，编制床位500余张。目前现有职工795人，其中高级职称97人，中级职称192人，
33、南京市溧水区人民医院（三级）
南京市溧水区人民医院是全区最大的一所集医疗、教学、科研、康复于一体的三级综合性医院，已有96年历史。1995年被评为二级甲等医院，2019年7月被确认为三级医院。医院位于山清水秀的无想山北麓，占地125亩，建筑面积8.6万平方米，核定床位1000张，设有23个标准病区，40个业务科室。2016年破土动工建设第三幢综合病房楼，将于2020年建成启用，届时医院的建筑面积将达到16万平方米，实际开放床位达到1500张。医院在职职工近1600人，其中卫技人员超过1200人，其中高级职称200余人。
34、南京市六合区人民医院（三级）
六合区人民医院始建于1949年，经过70年春秋洗礼，现已发展成为集医疗、教学、科研、急救、预防、保健、康复为一体的三级综合性公立医院。医院现为中国药科大学第一附属医院，东南大学医学院教学基地，南京医科大学临床实习基地。医院现占地近80亩，建筑面积近7万平方米，核定床位数610张，实际开放床位730张。在职职工1355人，其中，高级职称251人，中级职称498人，博士2人，硕士149人。
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